Les moyens de paiement d'une boutique en ligne comprennent la carte bancaire, les portefeuilles numériques et le virement. Le paiement passe par un prestataire de paiement (PSP) qui sécurise les données de carte, ce qui évite de les stocker soi-même. L'authentification forte (3-D Secure) est exigée en Europe pour la plupart des paiements en ligne.